左卫、燕山右卫、燕山前卫、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫、武功中卫、武功左卫、武功右卫（此三卫为军匠，隶属工部管辖）、永清左卫、永清右卫，已上俱不属五军都督府管辖。

  五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江十六卫、三十八个千户所；辽东二十五卫、十八个千户所；山东十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。

  右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶一卫，陕西二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南二十卫、二十个千户所。贵州十七卫、十二个千户所。

  中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶二十六卫、十六个千户所中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。

  前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建十六卫、二十个千户所。江西四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东十五卫、五十一个千户所。

  后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。

  河北二十三卫、八个千户所。山西九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。山西行都司十三卫、三个千户所。

  另外都司一奴儿干都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于明代的正规卫军

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